Hubiese estado bueno que aclararas de qué clase se trata ese “acuerdo”. Puede ser tanto transaccional (art. 15, LCT) o rescisorio (art. 241, LCT). El primero extingue obligaciones (con el acuerdo se puede prevenir o finiquitar un juicio donde se reclaman salarios adeudados o sus diferencias, créditos derivados de la LRT, indemnizaciones por despido, etc.). El otro, del art. 241, es un acuerdo (rescisión bilateral) para poner fin al contrato, para lo cual se deben respetar las formas que este artículo establece, y no requiere homologación (aunque el DNU 70/2023 dispuso que las partes podían requerir su homologación). En cambio, el acuerdo transaccional del art. 15 de la LCT requiere la homologación como requisito formal solemne, sin el cual es nulo.
Por ende, si se tratase de un acuerdo oneroso extintivo del contrato (art. 241), es plenamente válido si se formalizó tal como prescribe ese artículo, y por tanto, no puede “desistirse” unilateralmente. Solo puede reclamar por la vía del juicio ejecutivo (art. 139, LO 18.345; art. 51, ley 11.653, etc.) la deuda impaga.
Y si se tratase de un acuerdo transaccional del art. 15 de la LCT, si incluso en la transacción civil y comercial las partes pueden desistir de ella en los términos del art. 1643 del CCyC, siendo que la transacción laboral es aun más rigurosa, entiendo que el trabajador con más razón puede desistir y hacer de cuenta que la misma no existe (porque es nula por falta de homologación), y reclamar por la vía ordinaria el total de su reclamo original (por el cual acordó luego percibir de menos), tomando a cuenta lo ya percibido (dado que entre las consecuencias de la nulidad está el tener que restituir lo que hubiese recibido). El ejercicio de esa facultad de desistir estimo que la deberías notificar antes mediante TCL al empleador. La otra alternativa es demandar por la vía de ejecución de sentencia la deuda impaga (art. 132, LO 18.345, art. 26 ley 24.635; art. 49, ley 11.653, etc.), ya que no obstante la nulidad del acto, si estima que lo beneficia, lo puede invocar a su favor (conf. art. 49, LCT).