Colega, a ver si te entendí o estoy confundido.
1) Tu cliente trabajaba en negro.
2) Intimaste regularización de la relación laboral, suponemos que lo hiciste consignando todos los extremos de la relación laboral a dicho fin y cumpliendo los requisitos de la LNE 24.013 y su reglamentación, y bajo apercibimiento en caso de silencio o negativa de darse el trabajador por despedido.
3) Hiciste efectivo el apercibimiento e hiciste que tu cliente se diera por injuriado y despedido ante el silencio del empleador mantenido durante el plazo mínimo legal de la LNE.
4) Te enteraste luego de que supuestamente el empleador sí respondió a tu emplazamiento pero negando la existencia de relación laboral.
Si esto es así ¿Cuál es el inconveniente? Como te dijeron, no tenés que reconducir ni rectificar nada.
El hecho de que hayan negado la relación laboral, lejos de perjudicarte, te beneficia. Distinto sería el caso si te hubiesen contestado que iban a proceder a regularizar el vínculo y resulta que vos diste por extinguido el vínculo de tu cliente por no haber tomado conocimiento a tiempo de esa respuesta. Ahí sí estabas al horno si la respuesta de ellos estuviese bien notificada.
Pero como la negativa del vínculo es, de acuerdo a pacífica jurisprudencia, una de las más graves injurias que puede recibir el trabajador, te beneficia mucho más que el mero silencio (por las chicanas a las que habrían podido echar mano el empleador y su abogado en tal caso), a punto tal que recurrentemente se ha resuelto que en tales supuestos no es necesario aguardar a que se consuma el plazo legal concedido para poder configurar el despido indirecto.
El tema pasa por si procediste conforme a la ley 24.013 para devengar las indemnizaciones especiales previstas (entre dichos recaudos, como te dijeron, la comunicación simultánea a la AFIP). Veo también que estás siempre al borde de los plazos, te aconsejaría que para otros casos te manejes con cuidado, porque los mismos se computan a partir de que el destinatario es notificado y no desde la fecha en que vos enviás la notificación, para eso está el acuse de recibo). Ahora debés esperar a que transcurran 30 días de configurado el despido indirecto (o sea, cuando el empleador se notifica del mismo, dado que el despido es un acto unilateral recepticio), para intimar por 2 días hábiles para la entrega de las certificaciones del art. 80 de la LCT (y de paso, intimar en los términos del art. 2 de la ley 25.323), en ambos casos, para devengar las respectivas indemnizaciones (o “multas”).