Siendo que por tu preocupación todo indicaría que vos estás por la parte empleadora, te comento que ese tipo de acuerdos por modificación de las condiciones contractuales, según los criterios de homologación del SECLO (que se publicaban hasta hace poco en el sitio web del Ministerio de Trabajo, ahora degradado a secretaría), SOLO SE REGISTRAN (NO se homologan), ya que no encuadran en las prescripciones del artículo 15 de la LCT, porque no hay una posible renuncia de derechos ni tienen en consecuencia potencial efecto liberatorio (solo lo habría si la alteración fuese retroactiva, lo cual sería absurdo) sino una modificación de las normas individuales del contrato, que opera hacia el futuro.
Esto implica que para el caso daría igual si lo hacen en una escribanía (salvo por el tema del costo), y que no habría por ende “cosa juzgada” porque nada hay que juzgar si no hay conflicto o controversia que deba ser dirimida. Esto entonces no te cubriría de posteriores reclamos del trabajador si él alegara un vicio de la voluntad, por ejemplo. De todos modos, es conveniente instrumentarlo en la forma indicada dejando debida constancia de que es el trabajador el que motiva el pedido por esas razones que él aduce (porque estando plasmada la manifestación del trabajador en un instrumento público éste hace plena fe de la existencia de dicha manifestación, aunque no de su sinceridad, ya que el fedatario público no tiene modo de certificar), pero teniendo en cuenta de que no se va a homologar ese convenio (al menos no por el momento, salvo que cambien de criterio, equivocadamente).