Respondiendo a tus consultas:
1) La respuesta es sí. La extinción del contrato no tiene nada que ver con la extinción de las obligaciones. Se extinguen independientemente por sus respectivas causales legalmente admitidas. Se puede extinguir el contrato y no las obligaciones pendientes, como en este caso, o extinguirse las obligaciones (p. ej., por pago, como es el caso del salario cada mes) y subsistir el contrato, como es lo normal.
La renuncia al empleo (rescisión unilateral del contrato por el trabajador) nada tiene que ver con la renuncia a los derechos, prohibida por la ley (art. 12, LCT). Por ello todo pago parcial aun recibido sin reservas implica un pago a cuenta (art. 260, LCT).
El contrato es un acto jurídico (art. 957, CCC, fuente de obligaciones) y las obligaciones/derechos son relaciones jurídicas (art. 724, consecuencias o efectos de los contratos), y cada cual tiene sus propias causales de extinción (arts. 865 a 956, y arts. 1076 a 1091, CCC, respectivamente, y lo mismo en la LCT: arts. 124 a 149 para las obligaciones, y 240 a 254 para el contrato de trabajo).
2) Las diferencias salariales las calculás entre lo percibido y lo devengado según CCT o acuerdo individual (la mayor) mes a mes, y en ello nada tiene que ver el art. 245 de la LCT para calcular la MRMNH. Tomás cada mes y sacás la diferencia entre lo que debió percibir por todo concepto (horas extras, comisiones, etc.) y lo que efectivamente cobró.
