En un análisis somero del tema, entiendo que es competente la Justicia Federal. El Estado Nacional y sus entes solo puede ser llevado a juicio a su fuero especial, el federal, a menos que una norma expresamente disponga lo contrario, como sucede con ciertos recursos directos residuales establecidos en leyes especiales respecto de la apelación de resoluciones administrativas de ciertos órganos descentralizados (IGJ, etc.), en los que resulta competente la justicia ordinaria (en aquel caso del ejemplo, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Comercial), pero porque esa Justicia, si bien es ordinaria y no federal, de todos modos es Nacional, pero no puede someterse al Estado Nacional a litigar como parte demandada en un juzgado provincial. Al menos es ese el principio general, dispuesto en la vieja ley 48, e inveterada jurisprudencia de la Corte Suprema nacional.
Por otro lado, la Carta Orgánica del BNA (ley 21.799, art. 27) establece que dicha institución, como entidad del Estado Nacional, cuando es demandada, está sometida exclusivamente a la jurisdicción federal en razón de la persona y sin distinguir en cuanto a la materia del pleito.
Esa es mi opinión. No sé en qué norma expresa en sentido contrario vos fundás tu posición contraria y tampoco de qué jurisdicción se trata. De todos modos, también la Justicia Federal está obligada a aplicar las normas y principios constitucionales en materia de relaciones de consumo.