Hola, colega. No me sucedió eso, pero vos pedís una opinión. Lo que te puedo decir es que si no ves que dice que se homologa el acuerdo, y encima tanto el juez como el fiscal te dicen que el mismo sólo ha sido “registrado”, es porque se rechazó la homologación solicitada en los términos del art. 15 de la LCT, seguramente porque, o bien el acuerdo no es transaccional (por ejemplo, se trata de un acuerdo rescisorio del art. 241, que no se homologa), o bien en el acuerdo transaccional arribado no se ha alcanzado una justa composición de los derechos del trabajador, o hubo una renuncia de derechos irrenunciables (como, p. ej., los derivados de un despido arbitrario en el cual no se discute la base de cálculo de las indemnizaciones).
Siendo así, el acuerdo es nulo de nulidad absoluta, ya que la homologación, conforme el art. 15 de la LCT, es requisito inexcusable de validez de estos acuerdos. De modo tal que lo acordado es inoponible al trabajador, quien puede obrar como si el acuerdo no existiera y reclamar todo lo que estima que se le debe a causa del despido (como si aquello jamás hubiese sucedido e iniciar el juicio pertinente).
Que el otro acuerdo sí haya sido objeto de ejecución, o bien se debe a un error del juzgado, que no advirtió que el acuerdo es nulo, o bien porque sí ha sido homologado.
La homologación del acuerdo le confiere al mismo la ejecutoriedad propia de una sentencia firme (art. 26, ley 24.635), es decir, habilita la vía de la ejecución de sentencias.
Lo que te queda, en mi opinión, es seguir alguna interpretación sostenida por algunos autores según la cual el art. 49 de la LCT (con una pésima y confusa redacción) establece la nulidad, pero en beneficio del trabajador, quien puede invocarla si le conviene o valerse de la existencia del acto no obstante la nulidad si ello lo beneficia (Etala, Mark y otros), por lo que a él el vicio de forma no le sería oponible y podría aprovecharse de la obligación reconocida a su favor y reclamarla. Siendo así, y tratándose tu caso de una obligación dineraria líquida y exigible que consta en un instrumento que trae aparejada ejecución (el acta, como instrumento público), sería posible intentar seguir la vía del juicio ejecutivo (art. 139 de la LO 18.345), que también sirve para ejecutar un acuerdo de los rescisorios onerosos concertados en el marco del art. 241 de la LCT (p. ej., un retiro voluntario) cuando no se cumple con el pago de la gratificación convenida.
Pero existe una interpretación según la cual, en el caso de estos acuerdos del art. 15 de la LCT, el artículo 139 de la LO habría sido derogado parcial y tácitamente por el citado art. 26 de la ley 24.635, por lo que dicho art. 139 abarcaría supuestos residuales no contemplados por la ley 24.635, como el caso mencionado de los acuerdos rescisorios onerosos, p. ej., instrumentados en escritura pública notarial. La otra posibilidad es intentar la vía ordinaria para perseguir el cumplimiento de la obligación que surge de ese acuerdo, o sea, mediante un juicio ordinario de cobro de la suma convenida, o como dije, iniciar el juicio por despido para la percepción de las indemnizaciones de ley.