Antes que nada, y esto no tiene que ver con ser nuevo o no en la profesión, te diría que te consigas un buen manual de derecho del trabajo y lo leas de punta a punta, porque al menos en este tema te noto bastante en bolas.
En primer lugar, el reclamo por diferencias salariales nada tiene que ver con el reclamo por registro del contrato de trabajo. Son dos cuestiones que corren por carriles separados. Si lográs acreditar la relación laboral (hayas reclamado el blanqueo o no), podés reclamar dichas diferencias, ya que son derechos irrenunciables, mientras no haya operado el plazo de prescripción por las mismas.
Habría que ver el contenido de esos telegramas para ver qué y cómo se reclamó. Vos decís que el caso se encuadró en la Ley de Empleo, pero hubo “despido verbal”, aunque se envió TCL a la AFIP, y por otro lado manifestás que nunca se intimó por el registro del vínculo, y que luego se dio por finalizado el contrato que ya había finalizado por ese despido verbal. Raro, muy raro.
Así que todo depende de cómo se haya confeccionado ese intercambio postal para determinar qué es procedente y qué no.
Para todos aquellos casos en que el reclamo por registro del vínculo no hubiese podido llevarse a cabo estando vigente el mismo (presupuesto de aplicación de la LNE) existe el art. 1 de la ley 25.323, que no requiere ninguna intimación previa para la procedencia de la indemnización o “multa” allí prevista si se comprueba la existencia de trabajo en negro (vos mencionás el art. 2 de dicha ley, que sí la requiere, pero es a los efectos del pago tempestivo de las indemnizaciones por despido, haya o no trabajo en negro).
Te falta intimar por los certificados del art. 80, para devengar la multa allí prevista. O sea que tenés rubros para engrosar el reclamo, aunque las indemnizaciones de la LNE no resulten viables por diferentes motivos (haber mencionado la previa existencia de un despido verbal, o no haber intimado correctamente, etc.).
El tema de las diferencias salariales, como dije, es aparte. En la demanda podés incluir el reclamo de las dos multas de la ley 25.323 (arts. 1 y 2), y por el art. 80 de la LCT, y además las diferencias salariales entre la remuneración devengada según el CCT aplicable para la categoría del trabajador y la que cobró. Pero, como es obvio, todo eso supeditado a que acredites la relación laboral alegada.
De modo que, en respuesta a tus dudas:
1) No se trata de si es viable el reclamo por diferencias salariales si no se reclamó la registración, sino de que no es viable si no probás la existencia misma de la relación, pero si la acreditás, nada tiene que ver que no hayas reclamado la registración (en ese caso no podrías reclamar las multas de la LNE, pero sí las diferencias).
2) No podés reclamar ninguna registración retroactiva. El contrato ya se extinguió, y el presupuesto de aplicación de la LNE 24.013 es que el vínculo esté vigente. Para estos otros casos está el art. 1 de la ley 25.323.
3) El lapso de ese tiempo entre el despido y el reclamo por diferencias salariales no tiene ninguna incidencia negativa. Todo lo contrario, fue efectuado dentro del plazo de prescripción bianual del art. 256 de la LCT, y por ende, además de su validez, suspende su curso por 6 meses (art. 2541, CCyC), es decir, agrega 6 meses más al plazo prescriptivo bianual para demandar su pago.