Entiendo que, si el domicilio es el correcto, se lo tiene por notificado en la fecha del segundo aviso de visita, y a partir de allí comienzan a contarse los plazos. De todos modos, nunca conviene ser tan estricto con los plazos. Ante la duda siempre es mejor pecar por exceso (mejor que sobren y no que falten días).
Con respecto a la existencia de dos causales, siempre es mejor configurar ambas antes que quedarse con una sola. Si no se acredita una de ellas, queda la otra. Peor es quedarse sin nada. Por eso estimo que convendría aguardar a que se cumpla el plazo de 30 días sin que el empleador registre el vínculo (siempre que se haya intimado correctamente), a menos que no te importe perder las “multas” (indemnizaciones agravadas) de la LNE 24.013, ya que ninguna vinculación tienen ambas causales: cada una tiene sus requisitos sustanciales y formales (si para devengar dichas multas es necesario cumplir con ciertos requisitos, el hecho de que exista otra causal configurada no libera de cumplir con aquellos, salvo que el empleador manifieste no querer proceder a registrar el contrato, como si ante la intimación cursada con ese objeto echa a patadas al trabajador de la empresa o responde negando los hechos afirmados por el trabajador).
Ahora bien, además cabe agregar algo más a favor de esta tesitura, y es que la falta de pago de diferencias salariales podría, según las circunstancias, NO ser tenida como justa causa de despido indirecto. En este caso tal vez no tenga ninguna incidencia si se trata (no lo aclarás pero parece inferirse) de una relación laboral totalmente en negro, pero sí en otros supuestos. Y es el hecho que para establecer si se encuentra justificada la actitud del trabajador, el juez debe evaluar la importancia y el tiempo del incumplimiento (si aún persiste), y precisar cómo se ha configurado, de qué rubros salariales se trata y su monto, para evaluar globalmente la situación y determinar si el contrato pudo o no continuar, esto es, si el trabajador podía accionar judicialmente por el cobro de la deuda sin extinguir el contrato.
Por estas razones, en mi opinión, deberías ir por el lado de la causal de negativa a registrar el vínculo (considerando que hiciste todo bien en cuanto a las intimaciones) y reclamaría luego todo junto incluyendo las diferencias salariales, y no por el lado de estas últimas como causal autónoma por el serio riesgo de no devengar las “multas”. Después de todo, si es un caso de trabajo en negro total, primero debés acreditar el vínculo laboral para luego entonces comenzar a hablar de la existencia de diferencias salariales entre lo percibido y lo devengado.