Y porque no usaste la 24013 en lugar de la 25323? Si la relacion laboral esta vigente al momento de la intimacion, la multa que corresponde (y resulta mas beneficiosa desde el punto de vista economico para tu cliente) es la 24013.
No tiene mucho sentido reclamar bajo apercibimiento de la 25323, ya que la multa dispuesta por el Art. 1 de la misma, solo es operativa "si al momento del despido no esté registrada o lo esté de modo deficiente". Es decir, la 25323 no es aplicable por no haberse registrado la relacion laboral ante la intimacion, sino por encontrarse sin registrar al momento del despido. No requiere intimacion previa de ningun tipo, sino la sola constatacion de una relacion irregular.
Si hablamos de plata, los importes que se devengan de las multas de la 24013, son mucho mayores que los que les correspondera por aplicacion de la 25323 (mas aun, cuando son relaciones laborales con una antiguedad mayor a pocos meses).
La copia a la AFIP es un requisito de la 24013, la 25323 no la requiere.
Tenes la ventaja de que el empleador no desconoce ni disuelve el vinculo. Yo te recomendaria que rehagas el intercambio, modificando la intimacion conforme la 24013 y no la 25323, las diferencias entre un regimen y otro, son muy grandes en el caso que contas. Salvo que alguno crea que esta segunda intimacion sea extemporanea (yo creo que se puede hacer valer).
Saludos!